Il Consiglio dell'Unione è l'espressione dei Comuni partecipanti per la gestione delle funzioni e dei servizi associati, determina l'indirizzo politico dell'Unione stessa ed esercita il controllo politico-amministrativo, adottando gli atti fondamentali previsti dalla legge per i Consigli Comunali. Il Consiglio è composto dal Presidente; due consiglieri di maggioranza ed un consigliere di minoranza di ogni comune. Ciascun Consiglio Comunale provvede ad eleggere i rappresentanti a cui ha diritto tra i propri componenti con il sistema del voto limitato. I componenti il Consiglio restano in carica sino alla scadenza del loro mandato presso il Comune che li ha nominati, e comunque sino all'assunzione della carica da parte dei nuovi rappresentanti del Comune stesso.
Per i Consiglieri che non intervengono alle sedute per un intero anno, senza giustificati motivi, il Presidente dell'Unione avvia, con la contestazione delle assenze, il procedimento di decadenza. Il Consigliere viene invitato a giustificare per iscritto le assenze entro il termine perentorio di 10 giorni dalla notifica della contestazione. Nella prima seduta successiva, il Consiglio valuta le giustificazioni addotte e, a maggioranza dei Consiglieri assegnati, decide se accoglierle o pronunciare la decadenza. Il silenzio mantenuto dal Consigliere sulla contestazione è equiparato alle assenze ingiustificate. Sono cause giustificative delle assenze: le malattie, i motivi inderogabili di lavoro, l'eccessiva distanza dalla sede dell'Unione per motivi contingenti, qualsiasi altra motivazione atta a dimostrare la inequivocabile volontà del Consigliere di portare a termine il mandato.
Il Consiglio definisce l'indirizzo dell'Unione, esercita il controllo politico sull'amministrazione e la gestione, anche indiretta, dell'Unione stessa e adotta, per l'esercizio delle funzioni e servizi di propria competenza, gli atti attribuiti dalla legge ai Consigli Comunali. Nell'ambito dell'attività di indirizzo il Consiglio approva direttive generali, anche a conclusione di sessioni indette su particolari materie, in relazione alla propria attività istituzionale. Esso può impegnare la Giunta a riferire sull'attuazione di specifici atti di indirizzo.Il Consiglio, nella sua prima seduta, procede alla elezione del Presidente dell'Unione, da scegliersi tra i componenti Sindaci del consesso.Nella seduta successiva, da tenersi entro quarantacinque giorni, il Presidente, sentita la Giunta, presenta le linee programmatiche relative alle azioni ed ai progetti da realizzare nel corso del mandato. La convocazione della prima seduta del Consiglio è disposta dal Presidente uscente.
Il Presidente rappresenta, convoca e presiede il Consiglio e ne formula l'ordine del giorno. La convocazione può essere richiesta da uno dei Sindaci o da un quinto dei Consiglieri in carica, nel qual caso il Presidente è tenuto a riunire il Consiglio, in un termine non superiore a venti giorni, inserendo all'ordine del giorno le questioni richieste, purchè corredate da proposte di deliberazione.

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